Hazırlanan makalenin dergiye gönderilmesi esnasında editöre yönelik olarak yazılmış ve kapak mektubu (cover letter) olarak isimlendirilen bir mektup da derginin makale kabul prensibine göre sisteme yüklenir ya da makaleye ait diğer dosyalarla birlikte e-posta yolu ile gönderilir. Makaleden sorumlu yazar tarafından hazırlanan kapak mektubunda makalenin yazarları ve başlığı yer alır. Bu bilgilerin yanı sıra makalenin gönderildiği derginin Yazarlara Bilgiler (Instructions for Authors) sayfasında talep ettiği diğer bilgilere de (makalenin daha önce yayınlanmadığı ve şu anda herhangi bir dergide hakem değerlendirmesinde olmadığı, makaleye yazar olarak yazılan araştırmacıların tamamının çalışmaya yazar olmayı hak ettirecek derecede katkı yaptığı, yazarların tamamının makalenin son halini gördüğü ve yayınlanmasına onay verdiği, yazarların herhangi bir çıkar çatışması olmadığı gibi) kapak mektubunda yer verilir. Bu bilgilerden bazılarını hazırladıkları formlarla (örneğin tüm yazarların isimlerinin ve imzalarının yer aldığı makale onay formu) isteyen dergiler de vardır.

Pek çok yazar tarafından gereksiz bir zorunluluk olarak görülen kapak mektubu aslında yazarların makalelerinin reklamını yapabilecekleri çok uygun bir araçtır. En ilgili dergi editörü dahi, dergisine gönderilen tüm makaleleri baştan aşağı okuyacak kadar zamana ve tüm makalelerin bilimsel içeriğini değerlendirebilecek bilgi birikimine sahip değildir. Çoğu kez yapılan uygulama, editörün (ya da yardımcı editörlerin) çalışmaya genel olarak göz attıktan sonra, makalenin özellikle Özet, Materyal&Metod, Sonuçlar ve Tartışma kısımlarını incelemeleridir. İyi yazılmış bir kapak mektubu yazarlara işte bu aşamada çok büyük avantaj sağlayabilir. Sorumlu yazar yaptıkları çalışmadan elde ettikleri çarpıcı sonuçları ve makalenin bu alandaki bilgi açığını nasıl kapayabileceğini kapak mektubunda birkaç cümle ile özetleyerek, kısa bir süre içerisinde makale ile ilgili bir ön karar vermek durumunda olan editöre (ya da yardımcı editörlere) uzun bir makale içerisinde aramak zorunda olduğu bilgileri özet olarak sunabilir. Makalenin standard olarak hazırlanmış olan Özetinden farklı olarak kapak mektubunda yazarların makalelerinin öne çıkan yönlerini öven cümleleri kurması çok daha kolay olacaktır. Editörlerin gözünde iyi hazırlanmış kapak mektupları çok değerlidir ve makalenin ön değerlendirmesine olumlu yönde katkı yapar. Dolayısıyla yazarların bu konunun farkında olması ve kapak mektubu hazırlamaya özen göstermesi yerinde olacaktır.

Örnek bir kapak mektubuna ve kapak mektubu yazarken kullanabileceğiniz cümle kalıplarına Bölüm 5: Dergi İle İletişim kısmında ulaşabilirsiniz.